三棱草用草甘膦除草剂来进行消灭。草甘膦是广泛使用的许多除草剂中的有效活性化学成分，它在欧盟的使用受到了严格的监管。草甘膦与转基因作物并无直接关系，非转基因作物一样要打除草剂草甘膦。

用48%的排草丹或灭草松180毫升，外加56%的进口农多斯或二甲四氯10克，兑水15公斤，排水后对杂草茎叶进行喷雾。 使用上述除草剂，可以防除三棱草等多种恶性杂草，对水稻比较安全，可以喷洒600-700平方米。

专门用于除三棱草的除草剂主要有草甘膦、巨禾除草剂、阔莎无踪1加1除草剂、10%吡嘧磺隆、莎蜈静、稻利安2甲灭草松等，其中草甘膦是一种有机膦内吸传导型灭生性除草剂。 该除草剂杀草广谱、灭生性强，在土壤中无残留，多应用免耕田化学除草和林、果园的定向除草，可以杀死地面生长的各种杂草。

防除三棱草，分两种情况，一种是水稻还未播种时，可以选择草甘膦喷施，根据三棱草的大小以及抗性，适当进行加量。